Las tensiones entre ambos grupos étnicos bajo un único gobierno no tardaron en aflorar y en 1955, soldados del sur protagonizaron motines que derivarían en la Primera Guerra Civil Sudanesa.

Terminó en 1972 con la firma de un protocolo de paz que permitió la creación de un gobierno autónomo en Sudán del Sur. El acuerdo significó una década de paz, hasta que el presidente sudanés Yaffar al-Numeiry anunciara el establecimiento de un estado islámico y la aplicación de la sharia en todo el país, lo que provocó el estallido de la Segunda Guerra Civil Sudanesa.

Terminó oficialmente con la firma de un acuerdo de paz en enero de 2005 entre el gobierno de Sudán y el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán. El acuerdo restableció el gobierno autónomo sursudanés por seis años, tras lo cual se realizó un referendum que en enero de 2011 otorgó una abrumadora mayoría de un 98,83% a la opción independentista.

El 9 de julio de 2011 se proclamó oficialmente la República de Sudán del Sur, que con 9 millones habitantes es uno de los países más pobres del mundo.

La International Organization for Standardization de Ginebra le ha asignado a Sudán del Sur el código SS, esencial para el reconocimiento y funcionamiento internacional de un país.

Los ccTLDs se concibieron a principios de 1980 de la mano de Jon Postel como un medio de organización de Internet. Postel comprendería rápidamente las ramificaciones políticas de su trabajo y, para hacerlo aún más objetivo, asignó un código de dos letras a cada país que estuviera listado en la International Organization for Standardization de Ginebra. Algunos de los que aparecían en la lista no eran países, sino que eran territorios pertenecientes a otros países.

La extensión .ss no figura aún en la base de datos de IANA (apenas ha pasado un mes de la creación del país), pero Sudán del Sur tiene derecho a que se cree y se le delegue este ccTLD.